Ubicado en la Provincia de Tierra del Fuego, el Lago es de origen glaciar y desagua en el Estrecho de Magallanes a través del río Azopardo. Desde allí se extiende 110 km, de los cuales una pequeña parte cruza a Chile. Tiene una superficie de 580 km2 y un volumen de 46806 hm3. Su perímetro alcanza los 230 km.
El lago se encuentra localizado sobre depósitos fluvioglaciares y de turberas, y yace sobre rocas de la edad cretácica. En sus aguas de bajo contenido nutritivo se puede encontrar una población íctica formada por truchas marrones (Salmo trutta), fontinalis (Salvelinus fontinalis) y arco iris (Oncorhynchus mykiss).
Los selk´nam, pueblo originarios, habían nombrado al lago como Khami, que significa «agua grande». Pero cuando llegaron los conquistadores, se deslumbraron por la belleza del espejo de agua. Y nombrar es una de las maneras de hacer propio, entonces cambiaron su nombre por Fagnano, en honor al sacerdote católico de la orden salesiana, monseñor José Fagnano.