Está emplazada en una depresión tectónica correspondiente a la falla de Magallanes, por lo tanto ambas márgenes del lago pertenecen a placas tectónicas diferentes, la margen norte a la placa Sudamérica, y la margen sur a la placa de Scotia, por tal motivo, Tierra del Fuego es considerada zona sísmica.
Es un Lago Binacional, el 93% de este lago pertenece a la República Argentina mientras que el 7% pertenece a la Republica de Chile.
Se lo conoce como uno de los lagos mas largos del mundo, con una longitud de 114 km.
Es el 5to lago más grande del país con 593 km2.
En el año 1949 aconteció uno de los movimientos sísmicos más intensos que haya tenido registro la isla (7.7 Mw), con epicentro en la Falla de Magallanes, a causa de esto, en el Lago Fagnano se habría producido un seiche (ola sísmica en lagos) que dio origen a nuevas lagunas a lo largo del mismo, como la laguna Bombilla, Kosovo y Palacios.